A ESTSetúbal/IPS desenvolve as suas atividades através de unidades organizacionais várias, atuando nos domínios do ensino, da investigação e da prestação de serviços, de modo coordenado entre si. Tendo em conta os objetivos que prosseguem e as funções que desempenham, as unidades organizacionais da ESTSetúbal/IPS classificam-se em:
Órgãos da Escola
Corpo Docente
Serviços de Apoio
- ADIR | Assessoria da Direção
 - APSE | Apoio à Prestação de Serviços Especializados
 - CI | Comunicação e Imagem
 - EGS | Economato e Gestão de Stocks
 - GAAL | Gabinete de Apoio à Atividade Letiva
 - GAE+ | Gabinete E+ | Gabinete de Apoio ao Estudante
 - GAEL | Gabinete de Apoio ao E-Learning
 - GIP | Gabinete de Integração Profissional
 - LAB | Laboratórios
 - MANUT | Manutenção
 - SDEP | Secretariado dos Departamentos
 - SOG | Secretariado dos Órgãos de Gestão
 - TEL | Telefonista
 
Serviços Centrais
- Divisão Académica
 - Divisão de Bibliotecas, Arquivo e Documentação
 - Divisão de Comunicação e Relações Exteriores
 - Divisão de Gestão de Pessoas
 - Divisão do Edificado e Infraestruturas
 - Divisão Financeira, de Aprovisionamento e Património
 - Divisão Informática
 - Divisão para a Investigação e Cooperação Internacional
 - Gabinete de Apoio à Presidência
 - Núcleo de Auditoria e Controlo Interno
 - Serviço de Assessoria Jurídica
 - Unidade de Desenvolvimento Organizacional
 - Unidade para a Inovação Pedagógica e Promoção do Sucesso Académico
 - CSIRT.IPSetúbal – Computer Security Incident Response Team
 
													
													